안녕하십니까? 한말연구학회입니다.

정말 사전을 꼼꼼히 보셨군요. 담배를 "피다"에서 "피다"를 "피우다"의 잘못으로 처리한 것은 <표준국어대사전>이 처음인 듯합니다. (다 확인해 보지는 못했습니다)
<표준국어대사전, 1999>의 처리를 먼저 비교해 보겠습니다.

피다 피우다

1) 꽃이 활짝 피다 꽃을 활짝 피우다
2) 연탄불이 잘 피다 연탄불을 피우다
3) 웃음꽃이 피다 웃음꽃을 피우다.
4) 연기가 피다 연기를 피우다
5) X 담배를 피우다


<표준국어대사전>에서는 유독 5)의 "피다"만을 인정하지 않았습니다.
기존 사전에서는 "피다"를 "피우다"의 준말로 처리한 것에 반해, 연구원에서는 "피우다"를 "피다"의 사동사로 처리하였는데, 1) ~4)의 "피다"와 "피우다"는 모두 능동과 사동의 관계를 갖습니다.(~게 하다) 이에 반해, "담배를 피다"에 대해 "담배를 피우다"는 의미상 "능동", "피동"의 관계로 볼 수 없습니다. 연구원에서는 이런 관계를 고려하여 "담배를 피다"에서 "피다"를 잘못된 말로 처리한 것 같습니다. 그러나 개인적으로 생각하기에 이는 너무 체계를 고려한 처리로 판단됩니다. 이미 전부터 담배를 "피다"가 "피우다"의 준말로 처리되어 왔고 현실적으로도 널리 쓰는 형태입니다. 구태여 기술상의 체계를 유지하려고 했다면

피우다1: "피다"의 사동사
피우다2: 담배를 피우다, (준말) 피다

처럼, 동음이의어로 처리하는 것이 좋았다고 생각됩니다. 이에 대한 입장은 연구원에 문의해 보는 것이 좋겠습니다.