안녕하십니까? 한말연구학회입니다.

"요리"는 일본식 한자어에서 온 것으로 보는 것이 일반적입니다.
그러나 "조리"와 "요리"의 뜻이 반드시 일치하는 것은 아니기 때문에 "요리"를 "조리"로 무조껀 바꾸어 쓸 수는 없을 듯합니다.

요리 1) 음식을 일정한 방법으로 만듦.
2) 또는 그 음식

조리 1) 여러 가지 재료를 잘 맞추어 먹을 것을 만듦

"요리"나 "조리"가 음식을 만드는 행위를 뜻할 때는 같은 의미로 사용할 수 있으나 음식 자체를 가리킬 때는 "조리"는 쓰지 않습니다.

1) 위생적으로 요리를 하다/위생적으로 조리를 하다
2) 오늘의 요리 (ㅇ) / 오늘의 조리(X)

즉, 1번에서는 조리나 요리가 모두 가능하지만, 2)번처럼 음식 자체를 가리킬 때 "조리"라는 말은 쓰지 않습니다.
"요리"가 일본식 한자어이므로 가능한 쓰지 않는 것이 좋겠지만, 현실적으로 "요리"의 모든 뜻을 대신할 다른 말이 없고, 이미 굳어져서 널리 쓰이는 말이므로 "요리"나, "조리" 모두 적절하게 사용할 수 있다고 생각합니다.