1) 현재 대부분의 민관 기구에서 조직 명칭으로 과(課)와 과(科)를 모두 사용하고 있습니다. 예컨대 모 지방 보건환경연구원 조례규칙에 따르면 연구원 하부조직으로 총무과(課), 보건연구부, 환경연구부를 두고, 다시 보건연구부 하부조직으로 역학조사과(科), 미생물과(科), 약품분석과(科), 식품분석과(科)를 둔다고 규정하고 있습니다. 이처럼 과(課)와 과(科)를 함게 사용하되 대부분 과(課)가 과(科)에 앞섭니다.

2) 병원에서는 주로 과(科)를 쓰지만, 회사에서는 주로 과(課)를 쓰는 경향이 일반화되어 있습니다.

이를 사전적인 뜻풀이에 준하여 설명하면, 우선 "과(課)"는 국(局)이나 부(部) 아래 두는 사무 부서를 가리키는 말이지만, "과(科)"는 "물리학과"나 "마취과"처럼 학과나 전문 분야를 나타내는 말입니다. 따라서 1)의 경우에는 조직의 규모가 클 때 관리 부서와 실무 부서를 구분하기 위한 의도로 볼 수 있고, 2)의 경우에는 전문 분야냐 사무 부서냐의 차이에 따른 것으로 볼 수 있습니다.

이에 근거하여 질문 내용을 살펴보면, 만일 두 부서가 대등한 실무부서라면 硏究科, 搜査1科가 맞는 표현이지만, 만약 전자가 관리 부서이고 후자가 실무 부서라면 硏究課, 搜査1科라고 해야 맞을 것 같습니다. 이와 관련된 맞춤법 규정은 없으며, 해당 규정은 조직 내규에 따라 정해 사용하면 될 것 같습니다. 그러나 개인적인 생각으로는 굳이 "硏究科, 搜査1科"하는 것 보다는 누구나 이해하기 쉽도록 "연구과, 수사1과"하는 것이 이러한 혼선도 피하는 좋은 방법이라고 생각합니다.